经济补偿金是需要再扣除五险一金中个人缴纳的部分的。五险一金计入补偿金是个人自付部分，公司缴纳的那一部分不计入月平均工资的计算范围。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。