免费医疗金不可以在医院直接抵扣。

如果支付宝用户想要利用好医保免费医疗金报销，需要拿住院发票在支付宝--我的--保险服务--我的保单--好医保免费医疗金保单详情页发起理赔申请。

另外，好医保免费医疗金仅可以报销二级（含）以上公立医院住院费用，个人支付部分的50%。好医保免费医疗金理赔需要提交医疗相关材料和身份证照片，如果因为资料不全被驳回，会影响理赔进度。